江苏省大丰麋鹿国家级自然保护区管理处（盐城市麋鹿自然保护区管理局）设立5个内设机构，均相当正科级。

                                   办公室

负责管理处机关日常工作；拟定和监督执行管理处机关的各项议事规则和工作制度，负责来电、会议、信息、机要、档案、信访、后勤、接待等工作；负责党建、人事、纪检、群团、计生、工会等工作；负责车辆管理和安全工作；负责管理保护区的档案及资料；负责办理人大建议、政协委员提案和来信来访工作；负责制定和完善财务管理制度，编制财务计划和财务预（决）算，承办保护区建设项目的审核，监督管理和验收等相关工作；负责固定资产的登记和管理工作；指导、监督直属单位的财务工作，开展直属单位的内部审计工作。

                                  技术管理处

负责制定保护区科研规划、科研课题项目的选择、论证和申报并组织实施；负责保护区内现有资源状况调查与研究，掌握动态变化，建立环境、资源档案；负责保护区内资源的科学合理利用；负责麋鹿保护救护、饲养管理以及重大疫源疫病监测工作；负责科研档案、科研仪器设备、科技图书资料的管理工作；开展国际、国内科技交流和合作工作。

                                  安全保卫处

负责搞好森林防火工作；负责保护区内防灾、救灾工作；负责保护区内治安巡逻、检查，督促各部门做好安全防范、消防措施的落实工作；负责保护区范围内水电安全使用与管理工作；协助公安机关查处伤害麋鹿及其他野生动物的违法案件和破坏生态环境行为。

                               监督审查室

负责监督、检查贯彻执行党和国家的路线、方针、政策及各项规章制度的执行情况；纪检监察麋鹿保护区全面工作；研究制定本室工作计划并组织实施；受理本单位违纪违法案件的查处工作；配合上级纪检机关案件调查工作；麋鹿保护区党风廉政建设；组织工作调研并撰写调研报告；做好本室人员的思想教育作风建设;组织完成本单位和上级纪检监察机关交办的其他工作。

                              资源管护处

负责保护区内麋鹿和其他野生动植物及湿地的管理保护工作；负责制定保护区环境保护工程项目的建设规划、开展可行性研究工作并组织实施；负责保护区内管护实施的保护、维修和更换工作；负责制定和完善自然保护管理措施，检查和指导湿地保护工作；负责保护区内土地、林木等其他资源的保护利用工作。